Вы правы, организации IV категории не должны платить за негативное воздействие на окружающую среду (НВОС).

Это закреплено в п. 1 ст. 16.1 Федерального закона от 10.01.2002 № 7-ФЗ - плату за негативное воздействие не вносят юридические лица и индивидуальные предприниматели, осуществляющие хозяйственную и (или) иную деятельность исключительно на объектах IV категории. То есть если у вас только объект (объекты) IV категории, то плату вносить не нужно. Если у Вашей организации, кроме IV категории, есть объекты I-III категорий, то плата вносится за все объекты, в том числе и за объект IV категории. Это разъясняется в письме Росприроднадзора от 11.01.2019 АА-06-02-31/370 «О плате за негативное воздействие на окружающую среду».

Что касается объекта НВОС IV категории, снятого с учета, то повторной постановки на учет не требуется в соответствии со ст. 69.2. ФЗ-7 «Об охране окружающей среды»: «Объекты, оказывающие негативное воздействие на окружающую среду и согласно критериям, установленным в соответствии со статьей 4.2 настоящего Федерального закона, относящиеся к объектам I - III категорий, подлежат постановке на государственный учет». Но необходимо иметь документы основания, что объект не относится по критериям к объектам I-III категорий: кроме самого свидетельства о первичной постановке на учет объекта IV категории, актуальные материалы инвентаризации выбросов, подтверждающие принадлежность вашего объекта к объектам IV категории. Если в деятельности предприятия ничего не изменилось, материалы инвентаризации выбросов верные, то соберите всю доказательную базу и отстаивайте свою позицию, которая решится, скорее всего в устных переговорах.